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目前，RFID所涉及的主要技術方向，雖然都在快速度的發展，但仍然存在方方面面的瓶頸，從目前看來主要存在以下問題。

　　對于RFID的技術標準，國際上目前難以做到統一，使得產品開發和應用定位比較混亂，主流技術標準在推廣方面都試圖不斷強化自身影響力，尤其看中中國未來的RFID技術推廣，一度曾出現ISO/IEC、EPC Global、UID、AIM-global、IP-X五大組織負責或領導人幾乎同時出現在北京和中國RFID領域相關負責機構接洽的情況，試圖通過中國的加盟而強化自身在RFID技術領域的國際領導地位。對于中國而言，也在積極謀求自身的技術標準獨立，以保護自身的技術、經濟和安全利益。因此，RFID技術標準的統一存在一個推廣瓶頸的問題。

　　對于電子標簽而言，高存儲容量意味著多功能，低功耗意味著標簽小型化，直接制約著電子標簽的成本。另一方面，統一而廣泛應用，意味著電子標簽數量的巨大化，當應用系統電子標簽數量足夠大時，單個電子標簽的成本就可以快速降低。按一般價格測算，大約單個電子標簽價格在5美分左右時，全球RFID電子標簽市場就會出現井噴，并且大量快速應用到各個領域中。就目前而言，電子標簽的價格還比較高，功能簡單的電子標簽仍在數十美分的價格區間，技術標準制約著系統內電子標簽的數量，難以做到廣泛兼容，統一困難使價格難以下降，半導體電路性能方面也存在影響，不同廠家的芯片使用不同的標準，也影響價格。

　　對于空間中的數據干擾問題，可以通過技術手段加以克服，但是往往以犧牲性能為代價，現實中的情況和數據模型的建立之間任然存在差異，甚至于某些場合難以完成識別，系統容量超過一定數值，信號干擾就呈現數量級增長導致系統幾近崩潰，高速度狹小空間范圍內的大容量識別難以實現。

　　對于電子標簽的數據碰撞問題，現有的算法總存在一些不足，目前許多機構積極研究高效算法來處理電子標簽的數據碰撞問題，此類問題也成為當前RFID技術一項重要的研究熱點，防沖突的確定性算法和非確定性算法都有待進一步突破。

　　對于RFID系統的數據安全問題，在具體實現中是以物理方法和密碼方法兩種方式來解決的。加密技術對于電子標簽的成本和功耗都存在要求，越安全的數據加密算法，意味著需要占據更大的電子標簽存儲空間，如何在成本和安全性能中求得最佳平衡點，也是需要不斷突破的問題。